Los casi 30.000 visitantes constituyen el volumen más alto de visitas al centro de los últimos veinte años. En 2003 el museo recibió 13.000 visitantes y desde entonces la tendencia ha sido de un claro crecimiento. A partir de 2010 el crecimiento de incrementó notablemente y desde 2011 siempre ha superado los 20.000. En 2016 se lograron sobrepasar los 25.000 y desde entonces únicamente se encontraron por debajo de este número en 2020 y 2021 debido al paréntesis que supuso la pandemia. 2022 por su parte significó la plena recuperación de la afluencia previa al COVID-19.
Del total de visitantes recibidos, 27.230 han accedido con entrada gratuita, es decir, más del 90%, mientras que el resto lo han hecho con la entrada ordinaria, cuyo importe es de 1€. La visita al museo es gratuita los fines de semana y los festivos y además diversos colectivos gozan de exención, entre ellos los estudiantes, mayores de 65 años, desempleados y grupos.
Las colecciones se han incrementado de manera muy importante, ingresando más de 10.000 nuevas piezas. En su mayor parte proceden de las excavaciones arqueológicas que se han llevado a cabo en nuestra provincia y abarcan desde el Paleolítico hasta la Edad Moderna. De manera paralela se han recibido en donación tres lotes muy relevantes de obras artísticas y arqueológicas.
Durante el año 2023 la actividad más destacada del Museo de Burgos ha sido la exposición temporal "Las Cuentas Claras", la primera dedicada en nuestro país a la historia de la contabilidad. La otra gran exposición temporal se dedicó al artista Rufo Criado y a su actividad creativa entre 1982 y 1986. Asimismo hay que destacar la intensa actividad de talleres y visitas temáticas, así como conferencias, conciertos, presentaciones de libros y otras celebraciones culturales en torno al Festival Burgos Cidiano y el Día de Muertos mexicano.
La programación para el 2024 mantiene las líneas básicas que el centro viene siguiendo durante los últimos años. En cuanto a las exposiciones temporales seguirán combinando el arte contemporáneo con otros temas relacionados con los fondos del Museo. El año comenzará con una muestra dedicada a repasar la trayectoria del artista Néstor Pavón. Hacia el mes de junio se podrá visitar una exposición sobre el centenario del Fuero de Castrojeriz, organizada en colaboración con el Archivo Histórico Provincial. Por último, el otoño se dedicará a la figura de Antonio Sanz de la Fuente. Igualmente, continuarán otras actividades como la sección de Nuevos Ingresos, la pieza del mes, conferencias, talleres y visitas guiadas. Por otro lado, está previsto incorporar nuevas piezas a la exposición permanente, que se irán dando a conocer en los próximos meses.